В состав коллегии Федерального агентства по делам национальностей входят представители федеральных органов исполнительной власти, а также общественные деятели и депутаты, среди которых председатель Комитета Совета Федерации Федерального Собрания РФ по федеративному устройству, региональной политике, местному самоуправлению и делам Д.И. Азаров, заместитель начальника Управления внутренней политики Администрации Президента Российской Федерации М.В. Белоусов, заместитель Министра культуры РФ А.В.Журавский, депутат Государственной Думы РФ, президент Ассоциации коренных малочисленных народов Севера, Сибири и Дальнего Востока Г.П. Ледков, председатель комиссии по поддержке молодежных инициатив Общественной палаты РФ С.А. Тарбаев, председатель Комитета Государственной Думы РФ по делам национальностей Г.К. Сафаралиев и др.