Президиум Ассоциации коренных малочисленных народов Севера, Сибири и Дальнего Востока РФ является исполнительным органом и осуществляет оперативное руководство Ассоциации в период между заседаниями Координационного Совета по реализации решений Съезда и Координационного Совета.
Президиум осуществляет текущее и перспективное планирование деятельности Ассоциации; организует и развивает сотрудничество и связи Ассоциации с другими государственными, общественными, и иными организациями; рассматривает вопросы подготовки к плановым мероприятиям Ассоциации; рассматривает предложения по награждениям почетными грамотами активистов Ассоциации; осуществляет контроль за выполнением плановых мероприятий Ассоциации.
Решения Президиума принимаются простым большинством голосов членов Президиума, при наличии кворума. Заседания Президиума созываются Президентом Ассоциации.
В состав Президиума входят Президент и вице-президенты